一般生菌数とは，食品の微生物汚染の程度を示す指標菌です。標準寒天培地を用いて，35℃，25〜48時間の培養で発育した発育集落数を計測します。衛生的取扱いの適否などを総合的に評価する際の判断に有効な検査項目です。菌数が多い場合は，その食品の加工，製造，輸送，貯蔵などの過程で衛生的かつ適切な取扱いがされていないことが考えられます。

大腸菌群とは、糞便汚染または腸管系病原菌の汚染の程度を示す指標菌です。グラム陰性、無芽胞桿菌で、乳糖を分解して酸とガスを産生する好気性または通性嫌気性の細菌群です。自然界にも広く分布することから、加熱処理された食品から検出された場合には、不適切な加熱処理・加熱後の二次汚染、調理後の保存や取扱いの悪さがなどが考えられます。

E.coliとは、大腸菌群の中で44.5℃で発育し、乳糖を分解しガスを産生する細菌群を示します。さらにIMViC試験のパターンが「＋＋－－」のものを大腸菌といいます。大腸菌群と比較して糞便に存在する確率が高く糞便汚染が疑われるため、加熱処理された食品から検出された場合は、より一層不潔な取り扱いを受けた可能性が考えられます。

黄色ブドウ球菌とは、耐熱性のあるエンテロトキシンという毒素を産生し、食中毒を引き起こす食中毒菌です。人の手指、喉、鼻の中、皮膚、毛髪などに存在し、自然界にも広く分布しています。エンテロトキシンは熱(100℃、30分間の加熱)にも酸にも壊れにくく、加熱によって黄色ブドウ球菌が死滅しても、食中毒が起こる可能性があります。

サルモネラは、2500種類以上の血清型に分類され、自然界に広く分布しているほか多くの動物の腸管内に存在している食中毒菌です。汚染されている肉や卵を扱った食品が未加熱または加熱不足だった場合に食中毒が発生します。熱には弱く、乾燥状態や低温には強い特徴があります。高齢者や小児では感染すると重症になりやすいので注意が必要です。

腸炎ビブリオは、魚介類から多くみられる食中毒菌です。食塩濃度や水温などの条件が整うと一般の細菌に2倍以上の速さで急速に増殖する特徴があります。食塩が存在しない真水中には弱く、また4℃以下の環境では増殖せず60℃、10分間の加熱で死滅します。調理加工の過程で手指や調理器具を介しての二次汚染がありますので注意しましょう。